Su nombre Apistogramma Pandurini se deriva de los exportadores de pescado peruanos que lo recolectaron por primera vez en áreas limitadas de la región occidental del Amazonas, capturado en los arroyos de aguas negras cerca de Colonia en Perú.
Las aguas son particularmente más blandas y ácidas (pH < 6) con un sustrato arenoso. La distribución del grupo de especies A. nijsseni (al que pertenece A. panduro) ocurre en afluentes aislados de aguas negras del río Marañón, el río Ucayali, el río Nanay y el río Napo del Perú, que desembocan en el antiguo Napo Superfan. Tienen una tendencia a habitar en canales ramificados de baja velocidad, que se encuentran más comúnmente bajo techo debido a la mayor difusión de la luz en el agua desde las hojas y otras fuentes de sombra.
Una pareja de A. panduro requiere un acuario de unas medidas medias de 60x30x30 centímetros. Al planificar la reproducción o cuando se incluyen más individuos, es posible que se requieran tanques más grandes. Los accesorios o la decoración del acuario tienen un impacto bajo en A. panduro, ya que parecen no verse influenciados por los objetos ubicados en su espacio, siempre que estos elementos no limiten en gran medida el área libre total del acuario. Si el objetivo es recrear hábitats naturales para el sustrato blando del acuario, lo mejor serían las zonas de sombra proporcionadas por hojas artificiales o grandes voladizos. Además, la composición general del agua podría naturalizarse añadiendo turba a los tanques de los sistemas de filtración. Esto replicaría el hábitat rico en sedimentos y sustratos en el que A. panduro se encuentra en mayor abundancia. Esta adición estabilizaría el pH e inocularía la producción microbiana en el sedimento, lo que puede proporcionar una fuente adicional/natural de alimento. El caudal de agua y la filtración deben ser mínimos, evitando la sustitución de la turba por agua. Principalmente, se prefiere la iluminación con sombra o tenue junto con plantas acuáticas no tóxicas que proporcionen sombra o vegetación flotante que permita una mayor difusión de la luz por todo el tanque.